少年三国志2的剧情以时空穿越为核心设定，玩家扮演的实习生在三国乱世中收集三国志残卷以回归现代，这一主线融合了历史与科幻元素。游戏通过虎牢关之战等经典战役的重新演绎，将刘关张、吕布等角色融入主线冲突，同时引入神秘反派制造悬念。剧情在传统三国框架下加入原创叙事，既保留历史厚重感，又赋予玩家探索未知的驱动力。
游戏采用多线叙事结构，除主线外，少年演义等玩法通过碎片化剧情补充世界观。例如玩家可体验赵云长坂坡突围等经典桥段，或参与琴酒浮生等联动活动剧情，这些支线并非简单复刻历史，而是结合角色性格设计全新互动。剧情推进中穿插的动画与对话演出，增强了沉浸感，但部分章节需解锁特定条件才能开启，存在一定探索门槛。
从角色塑造看，游戏对历史人物进行少年化重构，如诸葛亮以谋士形象登场却保留青年时期的意气风发，陆逊、周瑜等吴国武将则突出团队协作特质。反派设定跳出了传统阵营对立，神秘人作为现代穿越者的身份，与主角形成镜像对照，这种矛盾设计提升了剧情的层次感。
少年三国志2剧情在保留策略游戏核心玩法的前提下，通过时空穿越的主线、多维度支线及角色重塑构建了完整叙事体系。其亮点在于平衡了历史还原与创新改编，但部分剧情节点的解锁条件可能影响连贯性。对于偏好深度剧情的玩家，需投入时间探索隐藏内容；而追求快节奏的玩家则可能更关注战斗与养成部分。
